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광원으로부터의 빛이 광분할기(beam splitter)에 의해 대물렌즈(objective lens쪽으로 방향을 전환하고
대물렌즈를 통과한 빛은 시편을 조사하게 된다.
시편에서 다시 발현 또는 반사되는 빛이 되돌아갈 때에는 광분할기를 통과하여 광검출기(photo-detector) 쪽으로 진행하게 되며, 이때 광원부와 시편부, 핀홀부의 각 점들은 서로 공액관계(conjugate)를 형성한다.
컨포컬 현미경의 가장 독특한 부품은 핀홀(pinhole)이라고 할 수 있다.
핀홀은 단어 그대로 '바늘구멍'으로 대물렌즈의 초점에서의 빛만 광검출기로 보내주는 역할을 한다. 즉, 핀홀은 매우 작은 구멍으로 이상적으로는 점으로 생각할 수 있는데 이 점을 통과할 수 있는 대물렌즈의 초점은 역시 공간상의 한 점으로 결정된다.
이것이 의미하는 바는 이 점 이외에서 발현되는 빛들은 핀홀 조리개에 의해 모두 차단된다는 것이다.
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